A项：甲丙之间签订的旧条约（《工业制成品关税协定》）关税税率为5%，次年甲丙之间签订新条约（《贸易区协定》）关税税率为3%。因此甲丙之间应适用新条约。但是因为丙国对汽车整车类产品做出保留，甲乙两国接受了丙国的保留，所以甲丙之间应当适用保留后的规定，即对于整车类产品并不适用新条约中3%的关税。所以应当适用旧条约中5%的关税。A项正确。

B项：乙丙之间签订的旧条约（《工业制成品关税协定》）关税税率为5%，次年乙丙之间签订新条约（《贸易区协定》）关税税率为3%。因此乙丙之间应适用新条约适用3%的关税，B项错误。

C项：丙丁之间签订的旧条约（《工业制成品关税协定》）关税税率为5%，因此丙丁之间应适用旧条约5%的关税，C项正确。

D项：甲乙之间签订的旧条约（《工业制成品关税协定》）关税税率为5%，次年甲乙之间签订新条约（《贸易区协定》）关税税率为3%。因此甲乙之间应适用新条约。虽然丙国对汽车整车类产品做出保留，甲乙两国接受了丙国的保留，但是因为保留是单方行为，甲乙两国之间并不受丙国保留的影响，在甲乙之间关于整车类产品依然适用新条约中3%的税率，D项正确。

综上所述，本题正确答案为A、C、D项。